药物化学是学校基础雄厚的重点学科，目前有在读研究生16人，毕业4人。该学科目前承担国家自然科学基金10项、教育部项目3项、贵州省重点项目2项、其他各级纵向项目30余项；获授权国家发明专利2项；发表学术论文80余篇，其中SCI收录20余篇；获遵义市科技进步二等奖1项；学科总科研经费超过1500万元。药物化学学科目前主要有三个研究方向：（1）生物催化与生物转化；（2）手性药物合成；（3）功能药物分子设计与应用。该学科现有硕士研究生导师4名，其中博士生导师2名。该学科学术团队拥有博士（博士后）18人，其中贵州省百名领军人才1人、教育部新世纪优秀人才支持计划入选者1人、人社部优秀留学归国人员1人、贵州省优秀青年科技人才1人、候鸟型人才3人、贵州省教育厅青年英才人才培养对象1人、遵义市15851人才工程2人。