学校研究生教育起步于1965年。现有8个一级学科博士学位授权点、63个二级学科博士学位授权点，45个一级学科硕士学位授权点、231个二级学科硕士学位授权点，8个博士后科研流动站。具有1种一级学科博士专业学位授予权、15种硕士专业学位（工程硕士[共有20个专业领域]、工商管理硕士（MBA）、公共管理硕士（MPA）、临床医学硕士、口腔医学硕士、法律硕士、教育硕士、艺术硕士、公共卫生硕士、汉语国际教育硕士、新闻与传播硕士、农业推广硕士、旅游管理硕士（MTA）、工程管理硕士（MEM））及在职人员以同等学力申请硕士学位授予权。有国家重点实验室1个，国家工程技术研究中心1个，国家重点学科2个，国家重点培育学科1个，教育部重点实验室2个，教育部工程中心2个，教育部人文社会科学重点研究基地1个，教育部创新团队3个，国家级临床药理基地1个，国家临床重点专科5个，国家干细胞工程技术研究中心江西分中心1个。有国家级实验教学示范中心3个、特色专业9个、教学团队1个、精品课程2门、双语教学示范课程1门，有江西省高水平重点学科5个、高水平实验室2个、高水平工程（技术）研究中心4个，江西省“十二五”重点学科16个，江西省“十二五”示范性硕士点6个。学校还设有中德联合研究院、中法工商管理教育培训中心和中英联合学院等国际合作办学机构。